En los estatutos de 1965, al referirse al patrimonio de la SMC, se dice que el patrimonio de la SMC está constituido por una Biblioteca de 10.000 volúmenes de un valor material indeterminado y en la correspondencia cruzada entre la Universidad de Málaga (UMA) y la SMC, en 1972, se hace referencia a la biblioteca de 12.000 volúmenes que a lo largo de su historia ha reunido esa benemérita Sociedad.

Hay constancia documental de donaciones, legados y adquisiciones de colecciones de los socios Sres. Clemens, Luis Souvirón, Manuel Casado, Pablo Prolongo, Enrique Laza, Domingo de Orueta (padre e hijo), Juan Bolín (para la que hubo que ampliar la biblioteca), Eduardo J. Navarro, José Rodríguez-Spiteri, Josefa Ground de Linera, Sofía Valle, Román Casares López, José Casares Gil, entre otros, en los primeros años. A ellos hay que añadir, en el periodo más reciente, los legados de Francisco Vázquez Shell, Joaquín Bermúdez Polonio, Ángel Sanchez Blanco, Fernando Orellana Ramos, Juan A. Rodríguez Arribas y José Angel Carrera Morales, entre otros.

La Biblioteca estuvo desde el principio ubicada en unas dependencias de los locales propiedad de la SMC en la calle Rodríguez Rubí (junto a la Plaza de la Constitución). Las actas de la Corporación reflejan la notable actividad y el elevado índice de uso de estas dependencias, en particular a lo largo de la primera mitad del pasado siglo, así como algunos avatares que hubo de sufrir la colección bibliográfica en el periodo de nuestra guerra civil y años inmediatamente posteriores (extravío de libros, depuración y censura eclesiástica, son términos que aparecen en las actas en sutiles pero significativas reseñas al respecto). Así mismo, la colección sufrió, en varias ocasiones, deterioros derivados de las lluvias y del mal estado del edificio.

La creación de la UMA, en cuyo proceso la SMC participó de forma activa y generosa, llevó a la firma de un convenio entre ambas instituciones (7-8-1973), en cuyo preámbulo se establecía que los fondos bibliográficos de la Biblioteca de la Sociedad Malagueña de Ciencias podrían constituir la base sobre la que puede fundarse la nueva Biblioteca General de la Universidad de Málaga y que en atención a ello la Sociedad Malagueña de Ciencias entrega en depósito toda su biblioteca, ficheros y enseres de la misma al Rectorado…. Por su parte, la UMA se comprometía a instalar adecuadamente los fondos entregados en depósito, a llevar a cabo los trabajos de limpieza, encuadernación e identificación necesarios, a instalar una placa con referencia a la SMC en el lugar donde se custodien dichos fondos y a reservar, en el edificio de la Biblioteca General, el lugar que se estime oportuno para la SMC. Este convenio ha sido ratificado años más tarde (1-6-2017) en términos similares, una vez transformada la SMC en la Academia Malagueña de Ciencias (AMC), puntualizando que el fondo bibliográfico deberá estar siempre formando una sola unidad, que periódicamente la AMC entregará a la UMA los distintos fondos que se vayan generando y que anualmente se levantará inventario del fondo cedido en depósito por los bibliotecarios de la Universidad y de la AMC.

Las labores de ordenación, limpieza y catálogo llevadas a cabo por la UMA en cumplimiento de los convenios aludidos se produjeron en diversas etapas, y dieron lugar a varias publicaciones de los investigadores que intervinieron en ellas, entre las que cabe mencionar las que tienen por autores a J.L. Carrillo, M.D. Ramos y J. Castellanos (1984): La Sociedad Malagueña de Ciencias. Catálogo de sus manuscritos; I. Jiménez, M.J. Ruiz y P. Gardeta (1992): Catálogo de las publicaciones periódicas de la Sociedad Malagueña de Ciencias. Así mismo, en mayo de 1995 la UMA llevó a cabo una exposición sobre los Fondos bibliográficos de la SMC, publicando un catálogo en el que, aparte de la descripción del material expuesto, se incluyeron datos históricos y referencias de la colección. Recientemente (Diciembre de 2019)  la AMC ha vuelto a realizar una exposición de sus fondos bibliográficos en las dependencias del Rectorado de la UMA.

Tras haber pasado por distintos emplazamientos desde que fueron cedidos a la UMA, la mayor parte de los fondos bibliográficos de la AMC se encuentran actualmente depositados y custodiados en una sala especial la Biblioteca General del Campus de Teatinos, en la que una placa los identifica. Los volúmenes publicados antes de 1800 se hallan en dependencias de la Biblioteca General, donde están sometidos a especiales condiciones de seguridad y conservación. Un número indeterminado de publicaciones del fondo original se encuentra en paradero desconocido; de ellas sólo existen las fichas manuales incluidas en el fichero originario, que también se conserva. Es una vieja aspiración y un firme propósito de la AMC recuperar los volúmenes que se conservan en lugares distintos a la Biblioteca General, para su catalogación y depósito en el lugar que establece el convenio con la UMA.
Las publicaciones y documentos de la colección están disponibles para los usuarios en las condiciones que la Biblioteca General de la UMA tiene establecidas para el resto de sus publicaciones, debiendo cumplimentarse un protocolo de autorización para acceder y hacer uso de las dependencias donde se encuentran custodiados.

Las obras que componen el fondo bibliográfico de la AMC se encuentran incluidas en el catálogo, al que se puede acceder a través de la página web de la Biblioteca General de la UMA o, de manera más directa, por medio de los siguientes enlaces:

https://riuma.uma.es/xmlui/handle/10630/598

https://riuma.uma.es/xmlui/handle/10630/18039

https://riuma.uma.es/xmlui/handle/10630/598/discover

La AMC, con el fin de difundir lo que considera como su más preciado patrimonio, lleva a cabo en los últimos años un programa de ediciones en facsímil de algunas de las obras de nuestro fondo bibliográfico, que son singulares por su antigüedad, por su temática o por su relación con la historia de la propia Corporación. Del mismo modo se está procediendo a la digitalización de los documentos que se consideran de mayor interés para ponerlos a disposición de los usuarios.

Catálogo fondos bibliográficos Sociedad/Academia Malagueña Ciencias en Universidad de Málaga (EXCEL)

Se encuentra custodiado en las dependencias de la Biblioteca General de la Universidad de Málaga denominadas «Depósito», junto con otros fondos de similares características de dicha Biblioteca y sometido a condiciones de seguridad y conservación acordes con su importancia.
En la actualidad se encuentra en proceso de catalogación por personal especializado de la Biblioteca General. Esta circunstancia impide que, en este momento, los volúmenes que lo componen se encuentren incorporados al catálogo general de nuestra biblioteca. Por este motivo y con la finalidad de difundir el contenido de esta parte de nuestra colección, se ha llevado a cabo la reproducción fotográfica de las carátulas de las obras que la componen.