El 6 de octubre de 1872 se constituye la Sociedad Malagueña de Ciencias Físicas y Naturales, al estilo de la Royal Society londinense, que establece en 100 el máximo de sus numerarios. Pocos años después cambia su denominación por la más amplia de Sociedad Malagueña de Ciencias.
Un grupo de científicos, residentes en Málaga, acordaron en esa fecha constituir una entidad cuyo objeto fuera el estudio, fomento y propagación de las ciencias, en cualquiera de sus manifestaciones generales y especiales. Así como la creación de un Museo de Ciencias y el fomento de la cultura, el espíritu crítico y la relación con las humanidades en la sociedad malagueña. El Museo abrió sus puertas en 1873 y permaneció durante casi un siglo en la sede de la SMC, en la plaza de la Constitución.
La entidad aludida trae causa de otra, la Academia de Ciencias y Buenas Letras, instituida en Málaga en 1757 dentro del espíritu de la Ilustración que imperó en el reinado de Carlos III.
La actividad científica de la Sociedad se manifiesta, desde entonces, en multitud de Informes, Publicaciones, Conferencias, Discursos y Debates sobre muy diferentes temas que, desde 1910, gozan de una amplia difusión en el Boletín de la Sociedad/Academia Malagueña de Ciencias que constituye el vehículo de comunicación entre sus miembros y otras entidades afines.
Durante décadas la SMC fue catalizador de estos asuntos científicos en una Málaga que carecía de Universidad, con un espíritu abierto a todas las ciencias y con un concepto progresista de la educación y la cultura, con intensas relaciones con la Institución Libre de Enseñanza. Fue uno de los colectivos que luchó por la consecución de nuestra Universidad de Málaga (UMA) que ahora cumple 50 años. La AMC ha mantenido una relación muy estrecha con la UMA desde entonces. Le cedió en depósito, en 1973, su rico fondo bibliográfico. Numerosos Académicos son profesores universitarios y los tres últimos rectores (Díez de los Ríos, de la Calle y Narváez Bueno) han sido Numerarios de la AMC.
La AMC fue, a comienzos del siglo pasado la primera institución cultural malagueña en incorporar a la mujer en su nómina de socios numerarios. Muchas de sus académicas han sido pioneras en campos del saber y la lucha por la igualdad (Teresa Aspiazu, Jimena Quirós, Mercedes Vico, Adelaida de la Calle, Margarita Salas etc. etc.).
En reconocimiento a su memoria histórica, vitalidad y servicios actuales, el Consejo de Gobierno de la Junta de Andalucía, mediante el Decreto 102/2002 de 12 de marzo, crea la Academia Malagueña de Ciencias, por transformación de la que fuera Sociedad Malagueña de Ciencias, manteniendo la fecha fundacional de 1872. La Academia es miembro del Instituto de Academias de Andalucía y pertenece al Instituto de España, en calidad de Academia Asociada.
Constituyen, al 12 de noviembre de 2022, la Academia un total de 105 Académicos (6 de Honor, 48 de Número, 24 Correspondientes y 27 de Mérito) agrupados en 5 Secciones: Ciencias Biosanitarias; Ciencias Matemáticas, Físicas y Naturales; Ciencias Sociales y Humanidades; Ciencias Tecnológicas; Ciencias del medio ambiente y del Territorio.